Das Museum wurde 1955 durch Hermann Zeller gegründet, der das Haus bis 1986 leitete. Sein Nachfolger war Otto Kettemann, der diese Aufgabe bis 2014 wahrnahm. Von August 2014 bis Januar 2015 war Ursula Winkler Leiterin des Schwäbischen Bauernhofmuseums. Ab dem 1. August 2015 war Philipp Herzog Museumsleiter. Im August 2017 wurde Wolfgang Ott aus dem Ruhestand reaktiviert und kommissarisch für eineinhalb Jahre mit der Leitung des Museums betraut. Er war vorher langjähriger Leiter des Weißenhorner Heimatmuseums und federführend an der Neuaufstellung mehrerer Museen beteiligt. Seit dem 1. Januar 2019 ist der Bauforscher Bernhard Niethammer Museumsleiter.
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